В игре есть две противоборствующие группировки - военные и зараженные. В перерывах между заданиями можно нападать на их аванпосты. Нам это сильно напомнило захват деревень из Just Cause. Для проведения стремительных атак у нашего бойца открываются поистине грандиозные способности. Со временем Алекс научится трансформировать своё тело. К примеру, у него появится щит, лезвия вместо пальцев и огромная секира вместо целой руки. По уровню разрушаемости окружения Prototype в пору сравнить с недавней Wolverine: много крови, много «мяса» и минимум смысла. Убивать можно как гражданских, так и военных.

Игра, будучи любимой многими «песочницей», естественно не избежит сравнения с серией GTA. Только тут вместо магазинов со шмотьем — куча «абилок» и радиальное меню, вместо бандитов и наркоторговцев — военщина с монстрами, а вместо сотен средств передвижения — сам Алекс Неистребимый. Само собой, в умелых руках. После обучения азам контроля — полный восторг! Отзывчивое и четкое управление, различные эстетические телодвижения, апгрейды, добавляющие новые, гораздо более внушительные средства изведения туч врагов. Грустных мыслей «А куда бы вложить накопившиеся очки?» нет и в помине. Наоборот, с нетерпением их копишь, и одним легким движением выйдя в меню — вкладываешься. Ну а новые приемчики кардинально меняют весь стиль ведения боя.

Против врагов можно применять и комбо удары. Однако с ними вышло не все так гладко - герой частенько не слушается нас и делает не то, что ему приказываешь. Но в целом система боя и общая ураганная динамика геймплея способны с лихвой покрыть неуправляемость битв. И это не мудрено, ведь именно на динамику делали акцент разработчики, но никак не на внешность игры. Графически наш Нью-Йорк едва ли красивее, чем Либерти Сити в GTA 3.